1일 중소기업창업투자회사전자공시(DIVA)에 따르면 2014년 이후 창업투자회사가 행정 위반을 한 건수는 총 48건이다. 한 회사가 여러번 위반을 한 경우도 있어 실제로 법규 위반을 한 창업투자회사는 26곳이다. 

중소벤처기업부는 중소기업창업지원법(현 벤처투자촉진법)에 근거해 매년 창업투자회사에 대한 정기검사를 진행하고 있다. 검사에서 적발된 사항의 경중과 창업투자회사의 소명을 종합해 경고, 시정명령 등의 행정처분을 부과한다. 이후 최근 3년간 3회 이상의 행정처분을 받은 창업투자회사는 모태펀드 출자사업 운용사 선정에서 배제하고 있다. 

이 규제에 따라 현재 모태펀드 출사사업에 참여할 수 없는 창업투자회사는 ▲트루윈창업투자 ▲윈베스트벤처투자 ▲윈브릿지캐피탈 ▲새한창업투자 등 총 4곳이다. 트루윈창업투자·윈브릿지캐피탈·새한창업투자는 2022년부터, 윈베스트벤처투자는 2023년부터 출자사업에 참여할 수 있다. 다만 새한창업투자, 윈베스트벤처투자에는 이러한 조치가 큰 영향을 끼치지 않을 것으로 관측된다. 두 창업투자회사 모두 설립 후 모태펀드 출자사업에 도전한 적이 없기 때문이다. 현재 운용하고 있는 조합도 모두 개인 및 민간기업 자금으로 구성되어 있다. 

시정명령 처분을 받고 미이행 상태에 있는 창업투자회사도 모태펀드 출자사업에 참여할 수 없다. ▲에스엠시노기술투자 ▲에이치큐인베스트먼트 ▲대한투자파트너스 ▲유니콘네스트창업투자 ▲이피에스인베스트먼트 ▲대덕인베스트먼트 등이 지난해와 올해 검사에서 시정명령을 받았지만 아직 조치를 완료하지 않았다. 

중소벤처기업부는 일반적으로 3개월에서 6개월의 시정명령 기간을 부여하고 있다. 창업투자회사가 특별한 이유로 기간 연장이 필요한 경우에는 중소벤처기업부의 허가가 필요하다.

지속적으로 시정명령을 이행하지 않을 경우 중소벤처기업부는 해당 창업투자회사의 업무를 정지하거나 등록을 말소할 수 있다. 실제로 윈브릿지캐피탈은 지난해 투자금지 업종에 투자한 후 조합 결성 등의 창업투자회사 업무가 정지된 상태다. 중소벤처기업부 관계자는 "행정처분을 내리고 후속 검사에서 지속적으로 시정완료가 안되어 있을 경우 창업투자회사 등록을 취소 할 수있다"고 말했다.