[딜사이트 김진호 기자] 프로티나가 코스닥 진입 이후 1년 동안 자체 단백질 상호작용 예측 솔루션의 글로벌 협업 사례를 늘려가고 있다. 나아가 자체 발굴한 비만 및 골관절염 신약 후보물질 2종의 데이터 검증 작업에도 속도를 낼 계획이다. 이러한 노력은 회사의 주가 방어로도 직결되고 있는 모양새다.

1일 제약바이오 업계에 따르면 내달 말 상장 1주년을 맞이하는 프로티나는 용역 서비스와 신약개발 등 두 가지 사업에서 지속적인 성과를 창출하고 있다.

프로티나 주가는 앞서 지난해 7월 거래 첫날(29일) 종가 기준 1만7550원으로 장을 마쳤다. 이후 회사가 용역 계약 체결 및 정부 과제 수주 등에 성공하면서 상승세가 이어졌다. 같은 해 12월 말에는 프로티나 주가가 12만원을 넘기도 했다. 당시 회사가 가장 뜨거운 비만 시장 진출을 위한 신약개발 비전을 내놓았기 때문이었다.

하지만 올 초부터 자체 조정에 이어 이란 전쟁, 바이오주 소외 국면 등이 겹치면서 프로티나 주가는 줄곧 하락했다. 하지만 지난달 30일 종가 2만8250원으로 공모가(1만4000원) 대비 2배 수준의 방어선은 유지되고 있다.

프로티나의 원동력(모멘텀)은 샘플 내 단백질의 20여가지 상호작용을 정량화하는 ‘SPID’ 플랫폼을 바탕으로 만든 두 가지 솔루션이다.

여기에는 ▲‘단백질-단백질 상호작용(PPI)’ 기반 바이오마커 개발 솔루션 ‘PPI 패스파인더(PathFinder)’ ▲항체 최적화 및 PPI 빅데이터 생성 솔루션 ‘PPI 랜드스케이프(Landscape)’ 등이 포함된다. PPI 패스파인더는 특정 질환과 연관된 바이오마커를 발굴하며 PPI 랜드스케이프는 회사가 찾은 바이오마커 기반 특정 질환에 대한 신약 후보물질의 특이성을 분석하는데 초점이 맞춰졌다.

프로티나는 상장 직후인 2025년 8월부터 지난 6월까지 국내사(5곳) 및 해외사(3곳) 등 총 8곳의 기업과 자사 솔루션을 활용한 용역 서비스 계약을 지속적으로 체결했다. 파트너사의 요구에 따라 약물 스크리닝 및 최적화 또는 타깃 질환 대상 검체 분석 등과 관련한 서비스를 제공하는 내용이다. 이중 검체 분석서비스의 경우 샘플 1개당 3000~5000달러(약 460만~770만원)의 분석 비용이 책정된 상태다.

프로티나는 이런 용역 계약을 통해 2025년 매출 30억원을 기록했다. 2년 전(6억원)과 비교하면 5배 가량 상승한 수치다. 회사는 지난 6월 글로벌 제약사 1곳과 선천면역복합체 관련 염증질환 대상 검체 분석 서비스 계약을 체결한 것이 향후 매출 상승의 모멘텀으로 작용할 것으로 내다보고 있다.

프로티나 관계자는 “기존 검체 계약은 BCL을 타깃하는 혈액암 관련 신약 후보물질을 분석하는 것이었지만 이번에 맺은 선천면역복합체 관련 분야는 퇴행성 뇌질환부터 당뇨나 비만과 같은 대사질환까지 그 대상 범위가 넓어서 검체 분석 수요가 많다”면서 “추가 계약이 이뤄져 검체 분석 수요가 극대화되면 회사 매출 확대에 가장 큰 모멘텀이 될 것”이라고 밝혔다.

나아가 프로티나는 용역 서비스 이외에 자체 솔루션 기반 신약 후보물질 발굴 및 검증에도 나서고 있다. 궁극적으로 해당 물질들의 가치 제고를 통한 기술수출을 목표로 하는 중이다.

일례로 프로티나는 지난해 6월 ‘미국당뇨병학회(ADA) 2026’에서 자체 비만 신약 후보물질 ‘PRT-1309’에 대한 전임상 결과를 내놓았다. 쥐를 대상으로 진행한 실험에서 PRT-1309를 1회 투약하면 체중 조절 반감기가 약 20일 가량 유지됐다는 내용이다. 장기지속형 제제로 개발될 가능성을 확인한 셈이다. 회사 측은 위고비의 성분인 ‘세마글루타이드’와 PRT-1309의 병용 가능성 등 추가 연구도 검토 중인 상황이다.

프로티나는 같은 시기 정부 과제로 선정된 골관절염 신약 후보물질 ‘PRT-101’도 보유하고 있다. 연골재생의 핵심 인자로 불리는 SOX9를 조절하는 물질이다. 정부 지원을 통해 독성 데이터 확보하고 2027년까지 임상 진입을 위한 준비를 마칠 계획이다.

공격적인 연구개발(R&D)이 이어지면서 프로티나의 연구개발비는 2024년 58억원에서 2025년 74억원으로 확대됐다. 일부 물질의 전임상 등을 수행하게 되면서 그 규모가 커지고 있다는 관측이다.

프로티나 관계자는 “올해는 100억원 안팎의 자금을 연구에 투입할 것으로 예상한다”며 “PRT-1309와 PRT-101 이외에 아직 공개하지 않은 자가면역질환 분야 후속물질 발굴 등의 연구도 수행하고 있다”고 언급했다.

이어 “연구비에 쓰는 것과 비교해 매출 규모가 작은 만큼 적자가 지속되고 있다”며 “용역 서비스 확대를 통한 매출 확장 및 자력 물질의 가치 제고를 통한 기술수출 가능성 등을 타진하며 실적 개선을 이뤄 나가겠다”고 덧붙였다.